لا تخلو المحاسبة الإلكترونية من العيوب ومنها الأخطاء الفنية، وتكلفة التثبيت والصيانة، والتهديد بالإختراق. إمكانية اختراق البيانات أو الوصول غير المصرح به في أنظمة المحاسبة السحابية مما يؤدي إلى انتهاك خصوصية البيانات، وهو ما يفرض تفعيل بعض الإجراءات مثل تشفير البيانات، وتطبيق الوصول المحدد الصلاحيات، وتفعيل خاصية المصادفة الثنائية https://jeffrey5h32v.elbloglibre.com/32953460/the-basic-principles-of-المحاسبة-الالكترونية